V období studené války zažívalo špionské povolání zlaté časy. Černobílá éra ale nemohla trvat věčně, díky pádu Sovětského svazu se svět tajných služeb změnil. Místo vytouženého klidu a míru se ale na scéně po pěti letech objevil zcela nový hráč, který začal bez slitování likvidovat členy všech konkurenčních rozvědek. Napadeným organizacím nezbylo tedy nic jiného, než se spojit a vytvořit skupinu, složenou z jejich elitních zaměstnanců. Do projektu Kingbridge Executive byli nakonec vybráni jen dva agenti. Jejich úkol je jasný, musí najít a eliminovat tajemného protivníka, který všem pije krev.
Cesta za záhadnou organizací vás provede skrz řadu dobře navržených lokací. Na vaše hrdiny čeká Varšava, Londýn, Mexico City a Paříž.
Tým specialistů se skládá ze dvou profesionálů. Prvním účastníkem sebevražedné mise je špionka Katia Kozlovová. V její kůži se zaměříte převážně na infiltraci do objektů. V té vám pomůže Martin Symborský, hacker, jenž dokáže prolomit jakýkoliv bezpečnostní systém. Pokud budete hrát Clandestine osamoceni, dostanete pod kontrolu oba příběhové protagonisty. V kooperaci si naopak každý hráč vezme jednoho z hrdinů, což je v praxi zábavnější.