Soul Hackers 2V záři neonových světel způsobuje technologický pokrok, že se lidé nechávají pohltit komerčním pohodlím. Ve stínech se rozhořívá válka mezi Yatagarasu a Společností přízraků, vyvolávači ďáblů, kteří využívají nadpozemské síly "démonů".
V tajném moři dat lidstva existuje digitální hivemind, který se vyvinul v rozum: Aion. Aion zpovzdálí pozoruje lidstvo, vypočítá, že se blíží katastrofa, která ukončí svět, a vytvoří dva agenty, kteří proti ní budou bojovat: Ringo a Figue.
Tito agenti Aionu musí společně vyšetřit a zabránit motýlímu efektu, který povede ke konci světa.
